Quân sĩ hai xứ Thanh, Nghệ vừa lập được công, bèn thả sức cướp bóc nhà họ Đặng và họ Hoàng, đến mấy ngày sau mới yên. Họ lại đòi ban thưởng. Trịnh Tông bèn tâu với Hiển Tông Vĩnh hoàng đế, phong Nguyễn Bằng làm Suy trung dực vận công thần và tước hầu; 30 người nhóm cuộc hội bàn đầu tiên được đặc biệt thăng thưởng; còn các quân thủy, quân bộ trong kinh ngoài trấn đều được thăng chức một bậc, và đều được ban thưởng tiền bạc có người nhiều người ít khác nhau. Lại rộng cấp cho mỗi người một đạo "không đầu sắc", cho phép họ được nhường cho thân thuộc. Từ đó kiêu binh ngày càng càn rỡ, viên quan cai quản không thể nào thống trị khống chế được, chỉ ràng buộc lỏng lẻo mà thôi.

Trước kia, Trịnh Sâm bị bệnh nặng, cho con là Cán nối ngôi, sai bọn Phan Lê Phiên viết thư cố mệnh và chế sách về Tuyên phi. Khi thư cố mệnh đã viết xong, chúa sai Trịnh Kiều viết thay. Đến nay, Trịnh Tông đưa thư cố mệnh ấy ra, trong thư có chữ thái phi Nguyễn thị phê rằng:

Không phải chữ chính tay tiên vương viết, không lấy gì làm bằng cứ, giao xuống cho chính phủ bàn luận.

Theo ý của Phạm Nguyễn Du, triều đình kết tội Trịnh Kiều, Phan Lê Phiên, Nhữ Công Điền đều can tội thiên tiện ra mệnh lệnh, bị bãi chức. Lại truất Đặng Thị Huệ làm thứ nhân, sau Đặng Thị uống thuốc chết[2].

Sau khi tôn lập Trịnh Tông, lính tam phủ cùng nhau rước hoàng tôn Duy Khiêm trở về. Duy Khiêm là con của thái tử Duy Vĩ. Trước kia thái tử bị Thịnh vương hãm hại, Duy Khiêm và các em đều bị bắt giam, mà hoàng tử thứ tư là Duy Cận được làm thái tử. Đó là ý của thái phi Nguyễn thị. Đầu năm 1783, Thái phi thấy hoàng tôn trở về, rất lo là Duy Cận mất ngôi, bèn tìm cớ ép hoàng tôn sang chầu rồi bí mật giết đi, nhưng việc đó bị phát giác ra bởi bọn kiêu binh. Họ hè nhau làm loạn một phen khiến Duy Cận suýt chết. Chúa biết việc này do Thái phi gây ra, dụ dỗ quân sĩ chớ làm huyên náo, rồi lập tức hạ lệnh cho bầy tôi trong triều xin nhà vua lập Duy Khiêm làm hoàng thái tôn. Lại bắt Duy Cận làm tờ biểu nhường ngôi thái tử. Duy Cận bị truất làm Sùng Nhượng công[6].

Mùa thu năm đó, Trịnh Tông khởi phục Nguyễn Lệ làm Thượng thư bộ Lại, coi việc Tham tụng, cậu là Dương Khuông giữ quyền phủ sự. Bọn Nguyễn Lệ ngày đêm mưu tính diệt trừ kiêu binh. Đầu năm 1784, có 4 quân sĩ giả xưng đồng đội, vay ức tiền của hiệu buôn ở phố Đông Hà, bị anh em trong bản đội phát giác. Bọn Nguyễn Lệ hạ lệnh lập tức xử trảm. Quân sĩ tuy bất bình nhưng không làm được gì, khiến bọn Nguyễn Lệ rất đắc chí. Có tri huyện Mai Doãn Khuê mật tấu việc kiêu binh muốn tôn phò vua Lê, đánh đổ nhà chúa, Nguyễn Lệ báo cáo cho chúa. Doãn Khuê tố cáo Nguyễn Siêu là cháu ngoại của Tứ Xuyên hầu là Phan Lê Phiên có dự vào mưu, nhưng có chứng cứ. Chúa vẫn phong cho Doãn Khuê tước bá, quản lãnh đội quân thị hậu và là giảng quan của hoàng tự tôn, cho ở nội điện để tiện dò xét[6].

Mùa xuân năm 1784, quân sĩ có người cậy công rước hoàng tự tôn về, xin ban phong cho cha mẹ, họ đem nhau vào sân điện tâu bày để xin phong, nhà vua sai triệu vào nội điện, tuyên bố chỉ dụ yên ủi. Chúa biết chuyện thất kinh, triệu Nguyễn Lệ và Dương Khuông vào và nói

Mưu kế của kiêu binh tôn phò nhà vua không thể dập tắt được, nay chúng đương tụ họp ở nội điện, làm thế nào bây giờ?

Bọn Nguyễn Lệ xin phái quân đến bắt và giết đi. Chúa y theo, lệnh cho Nguyễn Triêm dẫn quân đến bao vây trên nội điện, bắt được 7 người, giao xuống tra hỏi. Dương Khuông xin chiếu điều luật "vượt vào hoàng thành", đem chém tất cả[6]. Quân sĩ biết chuyện rất phẫn uất, đến sáng hôm sau thì khởi sự. Ngày 6 tháng 3 năm 1784, quân sĩ đem nhau vây nhà bọn Nguyễn Lệ và Dương Khuông. Khuông và Triêm đều trốn vào phủ chúa, Lệ chạy lên Sơn Tây. Quân sĩ tranh nhau phá hủy nhà cửa bọn này, rồi reo hò ầm ĩ vác siêu đao đi thẳng vào trong phủ lùng bắt. Trịnh Khải cùng Dương Thị đem tiền bạc ra để chuộc tính mạng cho Khuông. Quân sĩ lại lùng bắt Triêm, Trịnh Khải bất đắc dĩ bảo Triêm ra, quân sĩ lấy gạch đá đánh chết. Trịnh Tông bị ép hạ lệnh đoạt quan chức của Nguyễn Lệ và Dương Khuông[6]. Từ đấy, quyền bính về tay quân sĩ, chúng uy hiếp áp bức các quan, động một tý là dọa sẽ phá nhà, giết chết. Thậm chí đến việc thay đổi tướng tá văn ban, võ ban cũng đều do miệng quân sĩ nói ra mới xong, công việc trong nước không thể xoay xở thế nào được. Cương mục nhấn xét

Lúc này là thế giới nào, ngàn đời chưa từng nghe có việc như thế! Câu nói "chính danh[7]" của thánh nhân thật đáng tin là không phải lời nói vu khoát.[6]

Nguyễn Lệ chạy lên Sơn Tây, bàn với em là Nguyễn Điều lấy mệnh lệnh của chúa bí mật truyền bảo để họ chiêu mộ nghĩa sĩ diệt kiêu binh. Lại mật báo cho Hoàng Phùng Cơ đem châu sư đến Thanh Trì, nói phao là đi tuần tiễu mặt sông, rồi ngầm dùng chiếc thuyền nhỏ để đón chúa, chúa ăn mặc giả dạng xuống thuyền, thuận dòng xuôi về Hiến doanh hành tại ở đấy. Nguyễn Lệ và Trịnh Tông hẹn nhau ngày 28 tháng 1 ÂL (tức 19 tháng 3) Hoàng Phùng Cơ sẽ đem thuyền đón chúa, sau đó các trấn đem quân vào kinh giết kiêu binh. Trong bọn quân sĩ có người biết được mưu ấy, họ bèn chia nhau ngày đêm canh giữ phủ chúa Trịnh rất nghiêm ngặt, chúa không sao đi được. Vì thế, các trấn cũng bãi binh. Từ đấy, quân sĩ mỗi khi ra ngoài kéo từng đàn hàng trăm hàng ngàn người, tung hoành nơi thôn xóm, tự ý cướp bóc thả cửa. Quân sĩ nào đi đường một mình, thường bị dân quê đón đường giết chết. Quân và dân không ưa nhau. Sau có quan Tham tụng là Bùi Huy Bích dỗ dành mãi mới dần dần hơi yên[4].